مرحلة الانتماء إلى مذهب التشيع : يقول الدكتور أحمد : لم تمض إلا أسابيع بعد البحث الجاد والمقارنة بين المذهب السني والمذهب الشيعي إلا وكانت المسألة محسوسة تماماً من الناحية العقائدية ، ثم التقيت بواحد من الأصدقاء القدامى الذي وجدته على هذا الأمر ، وبدأنا في دراسة بعض الأحكام الفقهية اللازمة لتصحيح العبادات . وكنت مشغولاً في هذا الوقت في إنهاء رسالة الدكتوراه ، حتى أنني أقفلت عيادتي للتفرغ للعمل بهذه الرسالة ، وقبلت في نيسان عام 1986 وبدأت اتأهب لدخول امتحانات الدكتوراه في تخصص " الباطنية العامة " . فأقبلت على القراءة العلمية وكانت راحتي ومتعتي الوحيدة إذا أصابني الملل من القراءة في الطب ، هي اللجوء إلى كتب أهل البيت ( عليهم السلام ) . ردود الفعل الاجتماعية : لم تمض فترة قصيرة من شيوع خبر استبصار الدكتور أحمد إلاّ وبادر أصحاب العقليات المنغلقة بالصاق تهمة الانحراف الفكري والخلل والعقلي بشخصية الدكتور ، ثم تصدى البعض لتسقيط شخصيته والإطاحة بسمعته ، بحيث أدى هذا الأمر إلى مقاطعة من قبل جمع غفير من الناس . فيقول الدكتور أحمد : كنت أتساءل بيني وبين نفسي عن سر هذا العداء والشراسة في مواجهة كل من ينتمي إلى خط آل بيت النبوة ، وما هي الجريمة التي ارتكبها أولئك المنتمون ؟ ويضيف أيضاً : ثم أخذ التآمر شكلاً آخر ، وخطّط البعض لإخراجي من عملي بالجامعة ، فبذلوا أقصى جهدهم لذلك وحاولوا استخدام كل ما لديهم من وسائل ، ومن هنا تم تأخير حصولي على الدكتوراه من عام 1987 م حتى 1992 م